با وجود اینکه منظور از اتم ذرهای تجزیه ناپذیر بود، امروز میدانیم که اتم از ذرات کوچکتری تشکیل شدهاست. الکترونها، پروتونها و نوترونها ذرات تشکیل دهندهٔ اتم هستند. البته یون هیدروژن بدون الکترون و نیز بدون نوترون؛ هیدروژن +۱ است.
در مدل استاندارد، الکترونها ذرات بنیادی، هسته یعنی بدون ساختار داخلی، پنداشته میشوند؛ در حالی که پروتونها و نوترونها از ذرات دیگری به نام کوارک تشکیل شدهاند.