در روزگاران قدیم، كوچكترین موجودات زنده ای كه مردم می شناختند آن هایی بودند كه به زحمت با چشم دیده می شدند. ولی آیا ممكن بود موجوداتی هم باشند كه با چشم دیده نشوند؟ اگر با چشم دیده نمی شدند، با چه وسیله ای ممكن بود آن ها را دید؟ البته در آن زمان هم مردم با وسایلی می توانستند كاری كنند كه ذرات خیلی كوچك، بزرگتر از آنچه بودند نشان داده شوند. مثلاً بعضی از مردم متوجه شده بودند كه اگر از میان شیشه ای كه سطح آن منحنی باشد به ذرات خیلی كوچك نگاه كنند، آن ها بزرگتر از آنچه هستند به نظر می آیند.
در حدود سال 1650 میلادی دانشمندان با این شیشه های منحنی به چیزهای خیلی كوچك نگاه كردند و به دقت به بررسی آن ها پرداختند. اسم این شیشه ها را، كه سطح منحنی داشتند، عدسی گذاشتند. زیرا شكل آن ها مثل دانه های عدس بود. معمولاً برای اینكه به چیز های بسیار كوچك نگاه كنند، بیش از یك عدسی به كار می بردند و عدسی ها را در دو انتهای یك لوله ی فلزی جا می دادند. اسم ین لوله را، با عدسی هایی كه درون آن بود، میكروسكوپ گذاشتند.
میكروسكوپ از دو واژه ی یونانی "میكرو" به معنی كوچك و "اسكوپ" به معنی دیدن، گرفته شده است. بنابراین میكروسكوپ یعنی دیدن ذرات كوچك. یكی از موجودات كوچك زنده كه دانشمندان بیش از همه آن را مورد مطالعه قرار دادند، كك بود.
قبل از اختراع میكروسكوپ در اواسط قرن هفدهم، مشاهده ی سلول مقدور نبود، زیرا سلول واحد بسیار كوچكی است كه با چشم غیر مسلح، قابل رویت نیست. روبرت هوك اول بار در سال 1665 زیر میكروسكوپ ابتدایی كه خود ساخته بود، سلول های مرده را در برش های چوب پنبه مشاهده كرد. این سلول های تو خالی و متصل به هم، شكل لانه ی زنبور داشتند و هوك آن ها را "سلول" نامید كه در زبان لاتین مفهوم اتاق كوچك دارد.